Como você sabe que um e apenas um sábado ocorrerá nos primeiros sete dias de qualquer mês, você pode seguir esse padrão e usar o campo day-of-month para manter cada trabalho separado:
30 3 1-7,15-21 * 6 script1
30 3 8-14,22-28 * 6 script2
Assim, script1 sempre pegará o primeiro e terceiro sábados e script2 sempre obterá o segundo e o quarto.