Para fins de documentação, vou postar as etapas que usei para concluir a tarefa. Quaisquer soluções melhores são muito apreciadas. ; -)
Nota : esta solução usa o cliente lftp
FTP. Você pode ter que instalá-lo em sua máquina antes de prosseguir.
Solução:
lftp> renlist remote.dir1/ | "sed 's/\(.*\)/mv \"\" \"remote.dir2\/\"/'" > list
lftp> source list
lftp> !rm list
Ou o one-liner TM :
lftp> renlist remote.dir1/ | "sed 's/\(.*\)/mv \"\" \"remote.dir2\/\"/'" > list && source list && !rm list