Só porque você pode trocar um disco hot-swap não significa que você deveria. O backplane e os conectores provavelmente não foram projetados para um grande número de inserções / remoções, e o estresse mecânico por si só provavelmente criará problemas de confiabilidade para você. Isso sozinho me dissuadiria de fazer o que você está tentando fazer.
Ter apenas duas ou três gerações de backup parece problemático para mim. Ter um número maior de mídias é vantajoso porque você obtém mais redundância no caso de falha de mídia. Tão barato quanto os discos rígidos, eu olharia para expandir o pool de mídias.
Pessoalmente, eu compraria mais e mais discos rígidos externos e continuaria fazendo o que você está fazendo. Você pode obter mais milhagem dessa solução usando algo como rdiff-backup (ou muitas outras ferramentas que fazem coisas semelhantes) para armazenar gerações adicionais de backup nos discos e para aliviar a recodificação de bits que não foram alterados.