Primeiro, verifique se você tem os recursos da função de autenticação instalados - a autenticação básica soa como você deseja. No gerenciador de servidores, clique com o botão direito do mouse em IIS, adicione recursos de função e instale a Autenticação Básica (em segurança), se ela ainda não estiver instalada.
No gerenciador do IIS, selecione um local, abra o módulo "Autenticação" e configure conforme desejado. Desabilitar o Anonymous e habilitar o Basic é provavelmente onde você quer estar - ele estará usando usuários do Windows, e o acesso aos recursos será controlado pelas permissões do NTFS nesses recursos.