A telepatia é uma estrutura para mensagens instantâneas. Quando você configura uma conta de bate-papo no painel de configurações Contas on-line, está configurando um login associado à Telepathy.
A empatia é uma interface para a Telepatia. Ou seja, o Empathy fornece uma interface de usuário para interagir com o sistema Telepathy.
Se você quisesse, poderia substituir o Empathy por outro frontend para a Telepathy e todas as suas contas estariam lá, porque é o mesmo framework subjacente. A empatia também não faz tudo o que a Telepatia faz - por exemplo, o IIRC, a Telepathy fornece um sistema para fazer chamadas telefônicas, uma capacidade que a Empatia não expõe.