Aqui está uma comparação de vários sistemas de arquivos Linux (ext4, btrfs, nilfs2, xfs).
Comparação de Phoronix de FileSystems
Como você precisa de leituras rápidas no índice
O NILFS2 tem melhor desempenho de leitura aleatória
EXT3 tem melhor desempenho de leitura com vários segmentos
EXT4 tem melhor desempenho geral.
Eu diria que você deve escolher entre esses três.
ps: Surpreendentemente, o BTRFS supera o XFS no desempenho do SQL CRUD.