Na verdade, você não precisa remover a função de autoridade de certificação ou começar de novo. Você pode simplesmente renovar o certificado da CA com o novo par de chaves. Antes deste procedimento, você precisa fazer as seguintes alterações no servidor da CA:
certutil -setreg ca\csp\cnghashalgorithm sha256
net stop certsvc && net start certsvc
e renove o certificado da CA. Durante o prompt, selecione para gerar um novo par de chaves.