No que diz respeito às Melhores Práticas, sugiro que você contrate um SysAdmin para executar essas funções e monitorar seu equipamento. Você não precisa contratar essa pessoa em tempo integral, pois há muitos administradores de sistema que oferecem esses serviços por contrato para um determinado número de horas por mês.
Se isso não acontecer, presumo que isso seja algo de uma organização de DevOps ou de uma empresa de uma pessoa só? Nesse caso, questionaria a escolha do Gentoo para uma distribuição em uma configuração como essa. Crie seu aplicativo em uma distribuição estável com pacotes pré-compilados e suporte a fornecedores. Concentre sua funcionalidade em uma versão de uma plataforma e atualize-a periodicamente com a versão mais nova, conforme necessário. Não gaste seu tempo correndo atrás da versão de ponta de um idioma ou plataforma que está "em movimento rápido", já que essa é uma receita para a ineficiência na melhor das hipóteses e um empreendimento mal sucedido na pior das hipóteses.