Eu tive o mesmo problema depois de alterar a permissão da minha pasta Home completa ( sudo chmod -R 700 /home/user1 ) no Ubuntu 14.04.2. Por alguma razão, o problema apareceu apenas para o usuário1, mas não para o segundo usuário (usuário2), embora eu tenha alterado a permissão para todos os usuários da mesma maneira. Além disso, tive uma reinicialização forçada após essa mudança de permissão, então talvez essa tenha sido a razão do meu problema.
Depois de ler este tópico, acabei de restaurar as permissões antigas para /home/user1/.cache , .config e .compiz ( sudo chmod -R 755 /home/user1/.c ?). Comecei com .config , que restaurou as configurações do meu sistema, mas não meu papel de parede. Depois de fazer o mesmo para .compiz meu wallpaper voltou. Por fim, fiz o mesmo com .cache , só para ter certeza.
Tentarei reiniciar e alterar as "novas" permissões (700), apenas para ver se realmente depende das permissões dessas pastas.
Editar:
Eu reafirmei meu computador com permissão 755 e ele manteve todas as configurações do sistema. Então eu mudei de volta para 700 para a pasta /home completa, reinicie novamente e todas as configurações estão lá.
Eu não sei exatamente qual era o problema, mas talvez para alguns outros que enfrentassem esse problema ajudasse a alterar as permissões das três pastas para recuperar o acesso a essas configurações, em vez de excluí-las também.