Use AppCmd para permitir a substituição da configuração de seção no aplicativo Web.config :
%systemroot%\system32\inetsrv\APPCMD unlock config /section:security/authentication/anonymousAuthentication
Desbloquear uma seção específica permitirá que a criança Web.config em um diretório específico seja aplicada. Apenas lembre-se de que o desbloqueio da seção é aplicado globalmente.