Retirar a carga de um servidor para fazer um backup não é inédito. Como você faz isso depende inteiramente do seu balanceador de carga. Por exemplo, os balanceadores de carga Kemp possuem uma API da web que você pode chamar para desativar um servidor específico e o haproxy tem uma interface de gerenciamento baseada em pipe que você pode criar scripts a partir de um shell linux. Tenho certeza de que a libra tem uma maneira equivalente de desativar um servidor, mas não sei o que é isso.
Outra maneira popular de desativar um servidor com haproxy é fazer com que a ação de verificação procure por um arquivo específico. Quando você quiser desativar o servidor, basta excluir ou renomear esse arquivo. Você deve ser capaz de fazer isso com facilidade e satisfaz sua exigência de manter o script em nossa camada da Web e não chamar o balanceador de carga.