Aparentemente, o Thunar facilita isso. Tem algo chamado "ações personalizadas". Uma resposta a esta pergunta sobre a personalização de menus de contexto no Thunar contém um tutorial de como fazer isso.
Eu adicionei uma nova ação personalizada chamada "Comparar", indo para editar- > configurar ações personalizadas. Para usar o meld, como eu queria, usei o comando meld% f e, na guia "Appearance Conditions", escolhi arquivos de texto e diretórios.