Os servidores vinculados foram um dreno no recurso, particularmente RAM, nos 32 bits dias - espero que você tenha mudado a partir desses dias. Acho que sua solução proposta funcionaria e a "dor" estaria no final do SQL Server centralizado.
No entanto, os servidores vinculados podem ser um pouco problemáticos às vezes - você já pensou em usar scripts powershell / vbscript / SMO para consultar essas instâncias e, em seguida, carregar os dados nesse SQL Server centralizado?