Um certificado SSL, no caso do MDM da Apple, não possui requisitos / necessidades de confidencialidade. Na verdade, é melhor compartilhar.
Você só vai querer seguir a documentação do MDM específico que está usando.
Por outro lado, sua chave privada associada à chave pública no certificado SSL precisará de proteção. Podemos lidar com isso como uma questão separada e revisar as recomendações de segurança para sua infraestrutura.
Para conhecer melhor a criptografia de chave pública e o uso de certificados digitais, considere a leitura: