Não, nenhum sistema Linux pode ser afetado. Por favor, veja:
"Sistemas Afetados: Windows 98, Windows 95, Windows XP, Windows 7, Windows Me, Windows Vista, Windows NT, Windows 2000"
O Wine não pode afetar o Linux, porque é um XP virtual, o que significa que a pasta "Windows" (feita pelo wine, porque alguns aplicativos do Win precisam de recursos de lá) é falsa. Mesmo que o vírus mude as coisas na falsa pasta "Windows", isso não afeta o Linux.