Eu não sei se existem limites para determinados mecanismos de DB, mas encontrei alguns administradores do Departamento de Defesa que gerenciam um sistema MySQL que importa 10 TB todos os dias e eles não estão enfrentando esse tipo de problema.
Em vez de usar macros, recomendo escrever um script para analisar o arquivo de entrada e criar instruções de inserção a partir dele, que podem ser enviadas diretamente para o MySQL. Dessa forma, você não está lidando com o arquivo inteiro em um único hit, apenas uma linha por vez. Eu gosto de usar o Perl para essas coisas.
Você também pode considerar o uso de truncar em vez de soltar a tabela e recriá-la a cada vez.