Para uma sessão de longa duração inativa, como a execução de mysql
na linha de comando, seus timeout client
e timeout server
são muito curtos.
Eles provavelmente estão bem para um servidor da Web atingir o DB, pois a conexão só é aberta pelo tempo que for necessário, e cada carregamento de página cria uma nova conexão.
Para permitir que as conexões permaneçam abertas por 10 minutos, altere
timeout server 5000
timeout client 5000
para
timeout server 10m
timeout client 10m
Você pode ir ainda mais longe se quiser. Eu tenho clusters RDS que têm um tempo limite de 7 horas e funciona muito bem.
Os documentos têm mais detalhes sobre cliente de tempo limite , timeout server e a abreviação usada para o especificador de tempo .