Acho que é porque os dois repos têm a mesma tor
version, 0.2.3.25-1 para o Ubuntu 13.04 (raring), então não há razão para preferir um ao outro.
Se você configurar corretamente o repositório torproject, a saída de apt-cache policy tor
informará as versões disponíveis, de qual repositório elas vêm e o candidato para a instalação.