Parece que pode haver mais de um php.ini no seu sistema e o errado foi editado. Eu acredito que é possível especificar um diretório php.ini diferente por vhost com suPHP (usando a opção suPHP_ConfigPath).
Existem algumas opções disponíveis para você. Em primeiro lugar: você poderia (como a mensagem de erro sugerida) usar:
date_default_timezone_set()
No entanto, isso torna seu código menos portável.
Como alternativa, você pode verificar qual arquivo php.ini está sendo carregado quando o script é executado, criando uma página phpinfo; ou seja, apenas um arquivo php acessível pela web com o seguinte conteúdo:
<?php
phpinfo();
Visualize a página e procure as seções marcadas "Loaded Configuration File" e "Additional .ini files parsed". Eles devem informar quais arquivos ini você precisa editar.
Vale a pena conferir todos os arquivos listados, pois qualquer um deles pode conter configurações de date.timezp com erro de digitação que estão sobrescrevendo o que você definiu.