Você pode habilitar a Filtragem de Solicitações para o nível superior (servidor) e depois adicionar um <clear />
nas seções individuais no arquivo web.config para o site para o qual você não deseja usar a Filtragem de Solicitações:
<configuration>
<system.webServer>
<security>
<requestFiltering>
<denyUrlSequences>
<clear />
</denyUrlSequences>
<fileExtensions allowUnlisted="true">
<clear />
</fileExtensions>
</requestFiltering>
</security>
</system.webServer>
</configuration>