Você precisaria criar um novo modelo de certificado de Computador com a opção Nome do Assunto: Fornecer na solicitação selecionada. Você precisará fornecer o nome do assunto e o nome do assunto alternativo na solicitação.
Infelizmente, não há como registrar automaticamente essa opção, pois os Serviços de Certificados do Windows só permitem o uso do nome DNS ou do SPN para o alternativo.
Como um aparte, fazer algo assim não seria considerado uma prática recomendada de segurança, já que um invasor pode executar ataques man-in-the-middle com um certificado falsificado.