NOTE: DO NOT daemonize the Emperor (or the master) unless you know what you are doing!!!
Infelizmente, você daemonizou o Imperador sem saber o que está fazendo. Da sua pergunta:
# Log everything and make daemon daemonize = /var/log/uwsgi/my.log
O problema é que o uwsgi é sensível ao systemd, e a unidade systemd diz ao systemd que o uwsgi irá notificar o systemd quando o uwsgi estiver pronto para iniciar o processamento das requisições. Por padrão, o uwsgi inicia neste modo quando em um sistema systemd, a menos que diga para daemonizar. Nesse caso, o uwsgi não conversa com o systemd. É por isso que systemd esperou por um tempo e finalmente desistiu de esperar que o uwsgi informasse ao sistema que estava pronto.
Em vez de fazer com que o uwsgi seja daemonize e registre-se diretamente em um arquivo, a documentação sugere que você deixe o logar com o padrão de erro padrão e deixe o systemd selecionar os logs e registrá-los. Você vai querer fazer isso se eventualmente tiver logging enviado para outro lugar, como uma pilha ELK. Por exemplo:
[Service]
StandardError=syslog
Ou você pode logar diretamente do uwsgi sem daemonizing.
logto = /var/log/uwsgi/my.log