Este foi, na verdade, um tópico de discussão no Docker GitHub. O comentário final resume muito bem como: "não, o Dockerfile não é e não deveria ser uma linguagem de script ".
Mas a maneira como você descreve este caso, parece-me algo que você deve fazer após a compilação, ao inicializar o contêiner para a imagem que você construiu (talvez usando volumes ou variáveis de ambiente com um shell script agradável ao lado). Você já tentou essa abordagem?