Eu tive problemas semelhantes há dois meses, este tópico pode ser útil para você.
Primeiramente, eu verificaria se isso ocorre para todos os arquivos ou apenas para os arquivos de propriedade do usuário (altere o proprietário para ver se ele ainda persiste), conforme sugerido por Daniel.
Eu tentaria definir as permissões conforme descrito em o outro thread , mas usando o painel de preferências detalhado no Windows (Botão Avançado no canto inferior direito) e a guia Compartilhamento (não sei ao certo se é assim no Windows Server, no Solaris, é feito dessa maneira). A ideia básica é (citação do segundo encadeamento ligado):
The owner is always allowed to change ACLs on her objects. You can prevent this for shared content by using a share which is only allowing "Everyone:Modify" permissions as this will "filter out" any change ACL requests at the share level. If you want to allow your Administrators to change ACLs, just add "Storage Admins:Full Control" to the share permissions.