Você precisará de acesso root ao lixo para poder excluir esses arquivos - a maneira mais fácil de fazer isso temporariamente é abrir uma janela de terminal alt + ctrl + t e digite o comando
gksudo nautilus /home/your_username/.local/share/Trash
Isso executará o gerenciador de arquivos com permissões de superusuário e você poderá esvaziar a lixeira daqui. Exclua o arquivo de propriedade da raiz.
Quando terminar, lembre-se de fechar o programa!