Não é possível dizer com certeza, mas depois de ler a documentação do cmdlet Uninstall-RemoteAccess Tenho certeza de que ele não remove todas as alterações feitas no sistema. Ele diz, entre outras coisas, o seguinte, que eu sinto é a resposta à sua pergunta:
The Unistall-RemoteAccess cmdlet uninstalls DirectAccess (DA) and VPN, both Remote Access (RA) VPN >and site-to-site VPN.
[...]
This cmdlet will not handle removal of RA role and other dependent roles.
Como ele afirma explicitamente que nem mesmo remove o papel do RA, tenho certeza de que ele não desfaz todas as alterações. Não posso comentar sobre as especificidades das alterações na política de grupo, mas como um palpite puro , eu diria que isso não desfaz essas coisas.