De acordo com o link
Registering a snapshot works only for Linux/UNIX AMIs; although you can register a snapshot to create a Windows AMI, the AMI isn't launchable.
Portanto, parece que a parte de clonagem é impossível para o Windows, independente da mesma região ou de regiões diferentes. (Naturalmente eu ficaria encantado se alguém sabe diferente!)
Em relação à mudança de região para região, para Linux, esta página mostra uma ferramenta para fazer isso (mas a imagem da AMI deve ser movida para o S3 primeiro). link
UPDATE: Com relação ao MigrateImage, não consigo descobrir como mover a imagem de instantâneo do EBS para o S3 e vice-versa. Além disso, o link diz que imagens de instantâneos em movimento para outras regiões não podem ser feitas (a partir de julho de 2012).
MAR'13 UPDATE: A Amazon anunciou o Amazon Image Copy , que permite copiar as AMIs de uma região para outra. O FAQ diz explicitamente que você pode copiar imagens do Windows (então presumivelmente elas rodarão!): link