Eu diria que a opção 3 é o melhor nível de isolamento e impede que seu ambiente de produção seja afetado por alterações no ambiente de preparação. Também sua suposição de um VPC por região parece estar errada. Você pode criar várias VPCs em uma região até onde eu sei.
"Como só posso ter uma VPC por região da Amazônia, eu teria que fazer isso em uma região separada."