Eu acho que o problema é que o e-mail está sendo recuperado via pop3, mas não sendo excluído do servidor depois de baixado. Toda vez que o outlook express se conecta, ele precisa baixar o índice da caixa de correio antes que possa saber quais mensagens devem ser baixadas. Se as mensagens antigas nunca forem excluídas, o índice só aumentará.
O Outlook Express tem a opção de excluir mensagens com mais de x dias ou excluir todas as mensagens baixadas. Excluir todos eles é melhor para eficiência, mas o risco de perder mensagens é maior. Em ambos os casos, se o computador morrer, as mensagens serão perdidas completamente, a menos que o provedor de serviços de Internet tenha algum tipo de backup.