O problema fundamental com o qual você está lidando aqui é que a entrada MAC expira e não é renovada no tempo, o que causa inundação Unicast. Há algumas coisas para suspeitar nesta situação:
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Rotatividade da tabela MAC. Se você tiver muitos hosts no domínio de colisão do Switch, você poderá obter a rotatividade de tabelas do MAC, quando as entradas que estiverem em uso tiverem o tempo limite esgotado. Isso geralmente acontece quando você está entrando em um lote de VLANs através de um switch para conectar duas redes principais.
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As alterações de STP tendem a causar inundações. A configuração incorreta em STP (switches com IDs idênticos ...) e links instáveis pode causar a limpeza de caches e inundações inesperadas.
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Se você executar 802.1q e não tiver uma configuração simétrica, poderá obter a opção para saber o destino na VLAN errada. Isso fará com que a opção acabe esquecendo a entrada e comece a inundar. Como as respostas vêm em uma VLAN diferente, o switch continuará inundando.
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Você tem uma situação de roteamento assimétrica. Se o seu roteamento for assimétrico e o tráfego não for o inverso, você poderá facilmente expirar suas entradas na tabela MAC. Por exemplo, na imagem a seguir, o tráfego do roteador1 para o roteador 2 passa pelo Switch1 e o tráfego do roteador2 para o Roteador1 passa pelo Switch2. Neste caso, você corre o risco de receber o host3 inundado.
host1 | Router1 | | Switch1 Switch2 - Host3 | | Router2 | host2
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Tráfego totalmente unidirecional. Neste caso, você precisa aumentar a tabela mac o suficiente para que os arrays gratiosos do sistema operacional (se configurado para enviar algum) mantenham a tabela atualizada, ou até mesmo configurem o encaminhamento. Observe que o tráfego puramente unidirecional é muito raro. Um despejo MYSQL não deve ser unidirecional. Eu só vi isso em casos de roteamento assimétrico.
Como um substituto, eu recomendo implantar o arpd (ou similar) para fornecer arcos graciosos e parar o alagamento. Deve ter o mesmo efeito que o ARPPing (que você encontrou resolve o problema temporariamente). Mas você realmente deve depurar isso.
Minha primeira parada seria verificar se o roteamento é de fato simétrico até o fim, como um problema de roteamento assimétrico parece mais provável.
Além disso, consulte a documentação da Cisco em Inundação por Unicast nas redes do Campus que é muito bom.