Acho que a sua ideia de particionar o SSD em uma raiz menor e maior em casa e usar o HDD para arquivos de dados grandes (filmes, backups) é perfeita. Pelo menos essa é exatamente a minha configuração.
Claramente, /root tem que estar no SSD (porque é onde o SSD será mais vantajoso) e, claramente, a partição raiz não precisa de muito espaço. Na verdade, 20 Gb ainda é um exagero - eu tenho 15Gb e ainda mais de 3Gb livre com toneladas de software instalado.
Além disso, se você planeja uma partição swap, coloque o SSD.
/home faz todo o sentido no SSD, pois há vários arquivos de configuração específicos do usuário que precisam ser acessados rapidamente.
Por fim, se você executar qualquer tipo de banco de dados, considere a criação de uma partição de banco de dados no SSD. Os SSDs não são muito mais rápidos do que os HDDs quando se trata de taxas de transferência de dados, mas eles superam o HDD em termos de tempo de acesso - e esse é frequentemente o fator limitante em bancos de dados.
Quanto ao ponto de montagem: você pode criar sua montagem de HDD, por exemplo, em /data e, em seguida, criar links simbólicos em /home que apontam para diretórios específicos no /data :
ln -s /data/Videos ~/Videos/