Além de (possíveis) problemas de desempenho, uma coisa a ter em mente é que, se o seu firewall não estiver no mesmo servidor que está protegido, se alguém fizer obter acesso ao servidor da web , eles ainda não podem mexer com o firewall, o que significa que eles não podem mudar suas regras de saída, etc.
Um firewall separado também pode ser configurado para não ter nenhuma maneira de acessá-lo através da rede, o que, novamente, aumenta o risco de serem adulteradas.
Tenha em mente que isso também é verdade para um firewall de software que é uma caixa separada, não precisa ser de hardware.