Eu acho que você poderia usar Bcfg2 com muito sucesso para isso. É um sistema de gerenciamento de configuração que é incrivelmente flexível e extensível. Ele vem com Genshi para lógica de templates básica, mas permite que código Python in-line arbitrário faça coisas mais complicadas.
Você pode ter um único banco de dados que contenha todas as informações sobre cada instância e, em seguida, configurar o Bcfg2 para gerar cada bit de configuração com base nisso. Como um bônus adicional, se você precisar alterar algo em um grande número de instâncias (ou todas as instâncias), será totalmente indolor.