Eu posso responder minha própria pergunta:
Você pode usar o MSDeploy. Mas você tem que adicionar este argumento: -disableLink:Content
Isso impedirá a cópia de todos os arquivos.
Por exemplo, agora:
msdeploy -verb:sync -disableLink:Content -source:metakey=lm/w3svc/1 -dest:package=c:\Site1.zip > WebDeployPackage.log