Dependendo da quantidade de aplicativos que você deseja permitir que ele execute, uma opção seria permitir que ele execute comandos sem precisar sudo. Isso pode impedir que você dê a ele acesso root, enquanto ainda permite que ele execute suas tarefas: Para fazer isso, inclua no arquivo sudoers uma linha como esta para cada aplicativo que ele deveria poder fazer:
username ALL=NOPASSWD: /path/to/application
Edit: a solução de máquina virtual seria, com certeza, a opção mais segura