Eu não acredito que você possa especificar um caminho em qualquer uma das diretivas de arquivos. E também não parece que você realmente precisa da diretiva FilesMatch, já que você não está realmente usando nenhum padrão complexo para exigir o regex. Eu costumo colocar minhas diretivas de arquivos dentro do diretório para simplificar.
Isso pareceu funcionar para mim com uma configuração semelhante à sua. Em / var / www / domains existe 1/2 / e 3 / each com vários arquivos html. Nenhum deles está acessível agora.
<Directory /var/www/domains/*/>
Options None
AllowOverride None
Order Allow,Deny
Deny from All
<Files *>
Order Allow,Deny
Deny from All
</Files>
</Directory>