Não sabe sobre essas atualizações específicas, mas sim, parece que uma atualização do .Net pode modificar o web.config: link .
Algo a considerar: às vezes, há configurações padrão que "rolam" uma árvore de configuração. Pode haver algo "mais alto" que foi bloqueado e o que você está vendo é uma tentativa de manter um comportamento implícito anteriormente explicitamente.