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use a funcionalidade 'excluir' do yum para fazer isso. Para algo permanente, adicione a seguinte linha à sua configuração do yum (em /etc/yum.conf):
exclude=python3* php*
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Se você quiser se manter atualizado e não quiser fazer o download de repositórios inteiros, apenas aplique as erratas de segurança. Use o plug-in de segurança do yum para isso e, em seguida, executar
yum --security update
eyum updateinfo list bugzillas
somente fará o download das atualizações e as instalará. -
para automação, há centenas de opções. Para cargas de trabalho empresariais automatizadas, provavelmente você vai querer usar algo mais robusto, como o Chef ou o Puppet. O link nos comentários parece um bom recurso.
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Novamente, use a opção excluir junto com uma lista de pacotes confidenciais para garantir que eles não sejam tocados.