Pessoalmente, eu iria com a opção 1, mas em várias etapas. Como os novos servidores de 2012 já foram configurados e você já confirmou que eles estão funcionando corretamente como servidores AD / DNS, esse aspecto está funcionando como deveria.
(1) Antes de mais nada, transfiro as funções FSMO para os novos servidores e, em seguida, aguardo um pouco para garantir que não surjam problemas com isso.
(2) Em seguida, faça uma lista de todas as funcionalidades que devem / devem funcionar na rede no dia a dia, e saiba como testá-las. Eu sugiro perguntar às pessoas em outros departamentos sobre o que elas usam, se possível, pois a última coisa que você quer descobrir é que algumas críticas não estão sendo executadas e que você nem sabia.
(3) Fora de horas, reatribuir os IPs dos servidores de 2003 às caixas de 2012, e definir as caixas antigas de 2003 para serem executadas em novos IPs. Dessa forma, se você descobrir que algo está faltando, eles ainda estarão on-line e disponíveis para você acessar / verificar / pegar o que é necessário. Trabalhe na sua lista de verificação e verifique se tudo está funcionando como deveria.
(4) No dia seguinte, prepare-se para os problemas, assegure-se de que todos que possam precisar estejam disponíveis e prontos para consertar qualquer coisa que surja. Evite fazer a troca em um dia em que cargas estão acontecendo, por exemplo, um lançamento, um dia de pagamento, um dia de faturamento, segunda ou sexta-feira. Espero que nada aconteça, mas é melhor planejar o pior e esperar o melhor.
(5) Finalmente, uma vez que as coisas tenham sido executadas sem problemas por alguns dias, desligue os servidores antigos, mas mantenha-os disponíveis por mais algum tempo, apenas no caso.
O motivo pelo qual eu evitaria a Opção 2 é que as mesmas coisas que provavelmente te pegarão são as mesmas coisas que você não pensaria em escrever. Além disso, com uma configuração antiga, deve haver algo em algum lugar que seja codificado para apontar para os servidores antigos e, sem dúvida, será algo que a Diretiva de Grupo ou seus scripts não alterariam.