Essa é uma maneira ruim de fazer isso, mas se você estiver com problemas para encontrar o arquivo quando estiver off-line (o que não posso explicar):
Você pode fazer um backup de um hsqldb ativo, desde que não tenha ocorrido um ponto de verificação durante o backup. Um ponto de verificação ocorrerá sempre que o arquivo de log for preenchido. Há uma configuração no arquivo de propriedades do db incorporado:
hsqldb.log_size=50
(que está em meg-50M)
Contanto que o arquivo de log não atinja esse tamanho durante a cópia do arquivo live db, o arquivo será consistente. Tudo o que está no arquivo de log ainda não foi gravado no banco de dados. Se você puder fazer isso fora do horário de expediente, poderá obter um arquivo de despejo razoavelmente bom.
Então .. você pode matar qualquer sessão ativa, fazer a cópia do arquivo, desligar o servidor e então continuar a partir daí.