Não há diferença, mas no caso de uso geral o Ubuntu Software Center é melhor porque mostra uma descrição do pacote, captura de tela (s) se o pacote é um aplicativo GUI e o mais importante também mostra os complementos do pacote , se houver, pode ser instalado ao mesmo tempo que você instala o pacote. Esse recurso do Ubuntu Software Center pode economizar muito tempo.
No caso de uso específico em que você deseja instalar uma longa lista de pacotes, eu prefiro usar o terminal em vez do Ubuntu Software Center, porque eu posso instalar vários pacotes com um comando do formulário:
sudo apt-get install package1 package2 ... last-package-in-the-list