A coisa segura a fazer é derrubar os serviços e depois acertar o relógio. Tal como com o ntpdate, que tende a ser fornecido com um script de inicialização para fazer isso na inicialização. O tempo de inatividade não é divertido, mas os bancos de dados e outras coisas não gostam que o relógio retroceda.
A página do manual adjtimex do Linux descreve a chamada do sistema utilizada. As compensações permitidas são medidas em usec, leva muito tempo para ser executada.