Eu acho que a única maneira de aumentar o skype é fazer filtragem de l7, como você disse. No entanto, o padrão do skype L7 está em overmatching, porque o skype é realmente difícil de identificar. Na BlackHat Europe, em março de 2006, houve uma muito boa apresentação sobre o Skype, sua segurança e como ele ofusca o tráfego.
A única coisa em que consigo pensar é que ele geralmente detecta conexões interativas e as impulsiona. "Skype otimizado" soa melhor para os caras de marketing do que "QoS";)