Esta não é uma resposta completa, mas, até agora, ninguém forneceu razões sobre por que isso não é um procedimento PODE ser uma má ideia:
Algumas versões de pacotes dependem de funções fornecidas por bibliotecas externas. Essas bibliotecas mudam com o tempo e, nesse processo, possivelmente alteram seu comportamento ou até mesmo removem funções completamente. Mudar de EL6 para EL7 é um grande passo, então pode haver uma nova versão do pacote / biblioteca XYZ, que pode geralmente funcionar com sua versão instalada do pacote, mas não em extensão total.
No seu caso, o pdftk pode funcionar normalmente como esperado, mas em alguns casos especiais pode haver uma chamada de função, que não funcionará com o restante dos pacotes instalados e, portanto, pode falhar ou se comportar de maneira inesperada. Avaliar onde esse mau comportamento tem sua origem se tornaria muito complicado.
Pode haver muitas outras razões para não fazer isso, mas esta é a primeira coisa em que penso, e para sistemas de produção a estabilidade é fundamental. Portanto, eu não misturaria versões que não fossem projetadas para uma versão específica do sistema operacional. Pelo menos não sem um teste completo.