Você pode exportar o histórico do bzr para o git
cd /etc
git init
bzr fast-export --plain . | git fast-import
Depois é só reconfigurar o etckeeper para usar o git (set VCS="git"
em /etc/etckeeper/etckeeper.conf).
Os comandos acima requerem que os plugins de fastimport sejam instalados em bzr e git.