Você pode definir configurações de proxy para o IIS no web.config. link
Como a configuração do proxy no web.config faz referência ao System.Net, presumo que o IIS use o winhttp ao recuperar as configurações do proxy.
Uma coisa a notar é que o winttp pode recuperar as configurações do IE ou tentar autodetectar as configurações de proxy via. detecção automática de proxy da Web (WPAD). Quando confrontado com problemas de proxy winhttp você pode usar o seguinte comando para definir winhttp para as configurações de proxy do IE. netsh winhttp > import proxy source = ou seja
Minha experiência é que o Windows usa winhttp para determinados serviços, por exemplo, ao baixar atualizações do Windows e realizar verificações de revogações de certificação.