Bem, se você quiser fechar todas as instâncias de "cmd.exe", você pode usar o comando TASKKILL.
TASKKILL /IM "CMD.EXE" /F
É uma maneira muito simples de finalizar todas as instâncias em execução de um processo, sempre tendo em mente que você mostra a execução como Administrador para dar ao programa os direitos necessários para concluir os processos.