Eu acredito que é uma das duas coisas. O Apache não fecha a conexão anterior antes de abrir o novo soquete de escuta (ou pode até mesmo reciclar o antigo) ou o uso do filtro de Associados do Kernel com um PID em vez de um soquete (o que seria estranho na melhor das hipóteses). Definitivamente, algo não está certo, mas não tenho certeza se está no Apache ou no Kernel. O problema ainda existe em 9.0 e 2.2.20.
Como ninguém parece ter se incomodado com isso em 2 anos e é facilmente contornado usando o script rc em vez do apachectl, não vou caçá-lo (desculpe).