Pensando nisso logicamente - sem tocar em nenhuma tecnologia específica - se não é sua máquina e você não confia em root, então você tem um problema.
Você realmente não pode fazer nada para proteger screen
e irssi
. A raiz sempre terá permissões para forçar a anexação de sessões de tela, para capturar o tráfego de IRC da rede ou, potencialmente, espreitar o conteúdo da memória de processo.
Você pode criptografar arquivos com chaves e senhas. Mas isso exigiria que o sistema tivesse acesso às chaves de criptografia quando necessário, o que, por sua vez, significa que o root também teria acesso e que poderia ser atacado com força bruta. Arquivos não criptografados estariam presentes na memória ou no disco pelo período de tempo em que foram usados, e você adivinhou, o root pode ver esses também.