Isso acontece porque os sistemas de arquivos vfat type não suportam links simbólicos. Os sinalizadores de montagem não alteram esta situação.
Eu não estou familiarizado com o CMake, mas suponho que você esteja usando algum tipo de regra em seu makefile que esteja dizendo ao CMake para fazer um link simbólico para lib/libopencv_core.so.2.4.3 , que falha.